5 автоматизиран кариотипиращ софтуер за картографиране на хромозомите

Кариотипирането е процесът на подреждане и сдвояване на всички хромозоми, открити в организма, за да се получи всеобхватна представа за цялата карта на хромозомите на индивида.

Но нека първо да се уверим, че разбираме какво са хромозомите на първо място. Хромозомите са структури, които приличат на нишки, които се съдържат в ядрото на всяка от клетките на вашето тяло.

Всяка хромозомна структура съдържа целия генетичен информационен план на вашето тяло. Това диктува начина, по който тялото ви е структурирано, реагира на стимули, предразположеност към болести и т.н. Жените имат 2 'X' хромозоми, а мъжете имат една 'X' и една 'Y' хромозома. Всяка клетка на вашето тяло съдържа 23 двойки хромозоми, общо 46 хромозоми.

За да могат изследователите да разберат последователностите на хромозомите на всеки пациент, те използват софтуер за кариотипиране . Този тип софтуер е предназначен за извършване на хромозомен анализ и оценява структурата и броя на хромозомите на човека. По този начин изследователите и учените могат да открият аномалии.

В тази статия ще разгледаме някои големи софтуерни опции, които ви позволяват да извършвате анализ на кариотипи.

Топ 5 автоматизирани инструменти за каротипиране, които да се използват през 2019 г.

ArgusSoft

ArgusSoft е чудесен софтуерен вариант, който ви позволява автоматично да кариотизирате човешките хромозоми по лента и може да се използва за кариотипиране на животни и хромозоми на растенията онлайн.

Основни функции:

G, Q, R оцветяване
Автоматизирано кариотизиране на човешки хромозоми с разпознаване на завои
Автоматизирано кариотипиране на хромозоми на свине
3 вградени основи на стандартни идеограми на човешки хромозоми с различни нива на разграждане - 400, 550 и 850 нива
Може да добави основи на стандартни хромозомни идеограми за други животински и растителни видове
Методи за получаване на проби
Въвеждане на изображения на метафазна плоча с помощта на камера и скенер
Придружаване на изображение с графики
Автоматизирано разделяне на приложени и контактуващи хромозоми
Сравнение на хромозомите и идеограмите

Можете също така да използвате ArgusSoft, за да обучите системата за разпознаване на хромозоми, използвайки предварително зададени препарати, да прехвърлите метафозните изображения и кариограмите в вградената база данни, да създадете модели на отчети, да коригирате кариограмите и да съхраните и отпечатате изображения и резултати от анализа.

Можете да получите обучение и подкрепа за използването на ArgusSoft от официалния им сайт. Центърът за подкрепа включва обучение, поддръжка и консултантски услуги.

Опитайте ArgusSoft

HiBand от Applied Spectral Imaging

HiBand е софтуер, създаден от Applied Spectral Imaging, който може да извършва усъвършенстван хромозомен анализ с помощта на цифрови характеристики на кариотипиране. Този софтуер

използва автоматизирани функции за сканиране за задълбочен анализ на хромозомната структура.

Можете да използвате широката гама от функции, намерени в HiBand, за индексиране, броене, съхраняване и управление на данните за резултатите. Можете също да използвате този мощен софтуер за автоматично сканиране на хромозомната последователност.

Резултатите, получени чрез използване на функциите за кариотипиране, намерени HiBand, могат да се съхраняват в сигурно място с защитени с парола и криптирани слоеве. Това ви позволява спокойствие по отношение на загубата на важни данни за подреждането и поради това също подобряват ефективността на лабораторията ви.

Сортирането на резултатите се извършва по много лесен начин, просто трябва да потърсите конкретната последователност от хромозоми и всички резултати се показват на добре запълнен екран, който предлага лесен достъп за промяна, преглед и добавяне на етикети към всеки на файловете.

Основни функции:

Brightfield Кариотипно-G-Band и R-Band
Флуоресцентен кариотип-Q-Band, R-Band и FISH
Спектрално кариотипиране
Автоматично броене на хромозоми
Индексиране и класификация на хромозомите
Разширено разделяне на хромозомите и усъвършенствано подобряване на изображението
Image gallery - може да представя всички метафази и кариотипи на един екран
Може да сравни хромозомите - да ги видим една до друга
Abberant Ideogram - можете да добавяте хромозоми, клетки, идеограми и анотации в генератор на изображения

HiBand използва напълно автоматизирани работни потоци за увеличаване на лабораторната ефективност, има функции за сканиране "старт-и-излиза", намира метафази, автоматично чете баркодове, качва изображения в реално време по време на сканиране на слайдове и изнася в лабораторията LIS Central Portal и База данни.

Опитайте с HiBand

Ikaros от MetaSystems

Тази кариотипна система има много интуитивен потребителски интерфейс, който предлага всички функции на един екран. Това позволява лесен и бърз достъп до цялата получена информация.

Ikaros може да се използва с Neon, която е платформа, предназначена да помогне с данни за изображения и организация на случая. Neon събира данни от всички работни места за изображения, външни източници и ви позволява да ги представите по лесен за разбиране начин, използвайки табло за управление на случаи.

Този инструмент ви позволява винаги да имате важна информация близо до вас и да се съхранява по сигурен начин, но използва много силни алгоритми за управление на данни, има хубава гама от начини за наблюдение на данни и може да осигури специфични търсения въз основа на ключови думи и характеристики на данните.

Вижте повече информация за Neon и неговите функции тук .

Ikaros поддържа много различни техники за свързване - G-Band и R-Band, флуоресцентен Q-Band, R-Band и FISH - предлага голям брой предварително дефинирани кариографски форми за хора, растения и животни. Можете лесно да редактирате тези формуляри, за да добавите всички данни, необходими за типа изследване, което правите.

Фактът, че можете да сравните хромозомите с класа или с кариограмите, ви предлага много полезна информация, която ви позволява лесно да идентифицирате различията.

Опитайте Икарос

Метаклас от Microptic

MetaClass е чудесен кариотипен софтуер, който е проектиран по модулен начин. Този софтуер ви помага да извършвате кариотипиране и FISH проучвания на хромозомите.

MetaClass се формира от следните модули:

База данни MetaClass

База данни, която може да се инсталира с някой от модулите на MetaClass. Позволява ви да съхранявате подробности за пациента и ви дава лесен достъп до резултатите. С този модул можете да създавате персонализирани отчети на всеки език.

MetaClass Кариотип

Позволява ви да изучавате кариотип след като изображенията от етапа на подготовка на метафазата са били заснети в дигитален вид и да ги подредите по двойки въз основа на размер, позиция и т.н. Този модул ви дава отлични качествени резултати, когато става въпрос за хромозомни ленти, и може също така ще ви предоставим професионални отчети.

Основните функции включват:

Изследването на кариотипа се анализира при 100-кратно увеличение на ярко поле
Може да заснеме няколко метафазни изображения
Качеството на изображението може да се променя за по-ясни резултати
Автоматична класификация на хромозомите
4 екрана - прозорец с метафаза, кариотип и некласифициран хромозоми
Може да показва хромозомни прототипи
Некласифицираните хромозоми могат да бъдат автоматично или ръчно коригирани - наслагване, разделяне, кръстосване, ротация и др.
Файловете на MTC сесии или BMP изображения могат да бъдат запаметени и презаредени по всяко време
Може да експортира отделни хромозоми в базата данни Metaclass с възможност за добавяне на коментари и бележки

Ето един пример за кариотизиращ доклад на Metaclass.

MetaClass FISH

Това е модул за анализ, който ви позволява да получите флуоресцентен INSITU хибридизационен образ (FISH). Този модул улавя изображения, използвайки флуоресцентни сонди за ДНК, и ви позволява да потвърдите генетични аномалии - тризомии, молекреции, хромозомни пренареждания и др.

FISH изображенията се анализират при 100X увеличение и за по-широк диапазон на яснота на изображението могат също да заснемат изображения с различни филтри.

Ако се интересувате от повече информация за представените по-горе модули и други функции, можете да разгледате каталога на MetaClass.

Ако сте любопитен тип и искате да видите доклад, получен от метода FISH, можете

примерен PDF файл.

Опитайте MetaClass

GenASis Bandview

GenASis Bandview е друг голям софтуер за кариотипиране, който е изграден от модули с различни capabitilites. Можете да използвате това приложение за извършване на диагностика на кариотип и да получите точни резултати от тестовете.

Този софтуер ви позволява напълно да персонализирате работния процес и процеса на диагностика, в зависимост от нуждите на вашата компания и целите, които се опитвате да постигнете.

Широката гама от инструменти, предоставени в BandView, са лесно достъпни само с едно кликване на мишката и предлага мощно G / R / C / Q-Band кариотипично преживяване. Можете да избирате между автоматизиран или ръчен работен процес, когато става въпрос за намиране на метафази и заснемане на изображения.

Ако се открият хромозомни аномалии, могат да се наблюдават чрез добавяне, заличаване или пренареждане на генетичния материал на пациента. С BandView, можете да използвате група от FISH молекулярна техника.

FISH използва флуоресцентни проби за прикрепване към различни части на хромозомата, позволявайки на софтуера да открива и локализира абнормалитите, открити в специфични ДНК последователности.

Опитайте GenASis Bandview

заключение

В тази статия проучихме някои от най-добрите автоматизирани софтуерни кариотипи, които съществуват на пазара в края на 2018 година.

Софтуерните опции за кариотипиране, описани в тази статия, предлагат разнообразни функции, които ще ви помогнат да постигнете целите на фирмата.

Използвайки този вид софтуер, можете да преброите хиляди хромозоми бързо, да анализирате различни професионални техники и да изготвяте висококачествени доклади, които ще ви позволят лесно да идентифицирате всякакви аномалии.

Бихме искали да разберем какво е вашето мнение по отношение на софтуера, който представихме в този топ 5 списък. Моля, не се колебайте да ни уведомите, като използвате раздела за коментари по-долу.

СВЪРЗАНИ ИНСТРУМЕНТИ, КОИТО ТРЯБВА ДА ПРОВЕРЕТЕ:

Нуждаете се от софтуер за проучване за академични изследвания? Ето 5 инструмента
5 най-добър софтуер за академично писане
10 най-добри плагиатски софтуера за откриване на съдържание за копиране през 2019 година